Windows File Protection随2000一起提供，它通过不允许Microsoft的Windows Installer或Windows Update软件包安装程序以外的任何其他程序来修改系统文件，从而保护了关键的系统文件。系统文件检查器实用程序允许用户执行受保护系统文件的手动扫描（并有选择地修复它们）。Windows 2000还支持ACPI S4休眠，与Windows 98不同，它不需要特定的供应商驱动程序。

对于系统管理，Windows 2000引入了Microsoft管理控制台，并且Windows NT 4.0中的绝大多数系统管理工具都已移至MMC“快照”中。

Windows 2000不包括新的股票游戏，仅包括FreeCell，Minesweeper，Pinball和Solitaire。Windows 2000包括了辅助功能工具（NT 4.0没有提供），还包括了一些新工具。移植了StickyKeys，FilterKeys，ToggleKeys，SoundSentry，MouseKeys，高对比度主题和Magnifier。

这包括事件查看器，任务计划程序，COM +管理，组策略配置，磁盘碎片整理程序，设备管理器，服务控件以及.NET Framework（如果已安装）。

Windows 2000引入了Narrator，它可以通过Speech API大声读取GUI对象，以及可以与鼠标或操纵杆一起使用的屏幕键盘。